No 2004.gada 1.maija muitas kontrole tiek veikta ES ārējos robežpunktos, kā arī iekšzemē. Atsevišķos gadījumos muitas kontroli var veikt arī ES iekšējos robežpunktos (t.sk., robežpārejas punktos) uz Latvijas – Lietuvas un Latvijas – Igaunijas robežas.
Muitas kontroli veic LR Valsts ieņēmumu dienesta muitas iestādes (muitas iestādes). Muitas kontrolei ir pakļautas preces, kuras tiek ievestas ES muitas teritorijā un izvestas ārā no šīs teritorijas. Muitas kontroles laikā muitas iestādes var veikt muitas uzraudzības vai arī muitas kontroles pasākumus. Muitas uzraudzības pasākumi paredz vispārīgas muitas iestāžu darbības, lai nodrošinātu muitas noteikumu ievērošanu, kas piemērojami muitas kontrolei pakļautajām precēm. Piemēram, muitas uzraudzības pasākumus var piemērot precēm, kuras tiek transportētas saskaņā ar muitas procedūru Kopienas ārējais vai iekšējais tranzīts, - preču transportēšanas laikā. Muitas kontroles pasākumi paredz preču, dokumentu esamības un autentiskuma, kā arī uzņēmumu kontu un citu ierakstu pārbaudi; transportlīdzekļu apskati; bagāžas preču pārbaude, ko pārvieto attiecīgās personas, kā arī citu pārbaužu veikšanu, kuras piemērojamas muitas kontrolei pakļautajām precēm.
Svarīgākie tiesību akti, kas nosaka preču muitas kontroles kārtību no 2016. gada 1.maija ir:
- Eiropas Parlamenta un Padomes 09.10.2013. Regula (ES) Nr.952/2013, ar ko izveido Savienības Muitas kodeksu (SMK) ;
- Komisijas 24.11.2015. Īstenošanas Regula (ES) 2015/2447, ar ko paredz sīki izstrādātus noteikumus, kas vajadzīgi, lai īstenotu konkrētus noteikumus Eiropas Parlamenta un Padomes Regulā (ES) Nr.952/2013, ar ko izveido Savienības Muitas kodeksu (SMK Īstenošanas regula);
- Komisijas 28.07.2015. Deleģētā Regula (ES) 2015/2446, ar ko papildina Eiropas Parlamenta un Padomes Regulu (ES) Nr.952/2013 attiecībā uz sīki izstrādātiem noteikumiem, kuri attiecas uz dažiem Savienības Muitas kodeksa noteikumiem(SMK Deleģētā regula);
- Komisijas 17.12.2015. Deleģētā Regula (ES) 2016/341, ar ko papildina Eiropas Parlamenta un Padomes Regulu (ES) Nr. 952/2013 attiecībā uz pārejas noteikumiem, kurus paredz attiecībā uz konkrētiem Savienības Muitas Kodeksa noteikumiem, ja attiecīgās elektroniskās sistēmas vēl nedarbojas, un groza Komisijas Deleģēto regulu (ES) 2015/2446 (SMK IT pārejas noteikumu regula);
- Padomes 23.07.1987. Regula (EEK) Nr.2658/87 par tarifu un statistikas nomenklatūru un kopējo muitas tarifu;
- Padomes 16.11.2009. Regula (EK) Nr.1186/2009, ar kuru izveido Kopienas sistēmu atbrīvojumiem no muitas nodokļiem LR Muitas likums.